تحصلت جامعة جندوبة على الإشهاد في نظام إدارة الجودة ISO 9001 بما يعني أن خدمات الجامعة مطابقة لمواصفات الجودة العالمية .
يذكر أن نظام إدارة الجودة – آيزو 9001 ، هو المعيار الأكثر انتشاراً في العالم لأنظمة إدارة الجودة، ويقوم نظام إدارة الجودة آيزو 9001 على مراقبة مستوى الجودة وإدارة العمليات في الجامعة، حيث يوضح هذا المعيار الطرق التي يمكن من خلالها الارتقاء بالخدمات التي تقدمها الجامعة لأعلى المستويات.